一、内设机构
1、办公室
负责局政务、行政事务的协调，督办行政相关的重要工作；承办组织会议；负责文秘、机要、信访、保密、综合、档案、社会治安、安全保卫、外事接待工作；负责有关文件的起草，拟定局机关规章制度并组织实施；研究拟定全州农牧业经济和林业发展战略，协调实施全州农牧业生产、开发、建设计划；负责筹措农牧林业行业发展各项资金，提出全州农牧林业行业基本建设项目；负责局财务工作及国有资产管理；负责全州农牧林业项目合作工作；组织实施科技兴牧计划；制定农牧林业科研、技术推广和科技培训发展规划；组织科研和技术推广项目的遴选、实施及国内外技术、智力的引进；开展农牧林业科技培训和农牧林业科普宣传工作。
2、草原建设科
贯彻落实《草原法》及配套法规；负责组织草地资源、草地建设、利用、草地生态治理和保护工作；组织调查草场资源和编制草原建设规划及年度实施计划；推行保护、培育改良和建设草原的技术措施；负责防灾、抗灾保畜的基地建设，组织开展防灾抗灾保畜工作；负责牧草种籽繁育体系建设和管理工作；对草原管理、保护、建设和使用进行监督检查；负责全州饲料管理工作。
3、畜牧兽医科
负责对全州畜牧、兽医行业的指导；贯彻落实畜牧、兽医的有关法律和配套法规；组织拟定畜牧兽医行业地方标准和规范并监督实施；指导畜牧业结构和布局调整，提出畜牧业发展的重大技术措施；负责良种畜禽、兽医医政、兽药（械）和药检的管理；组织实施畜产资源的保护和品种培育；负责全州畜禽良种繁育体系、兽医卫生监督体系和畜牧兽医服务体系的规划和建设。
4、牧业经济指导科
负责编制畜牧业中、长期发展规划，研究拟定全州畜牧业经济发展战略及产业政策，指导全州畜牧业生产；引导畜牧业结构调整、资源合理配置和产品品质的改善；负责规划和指导全州畜牧业信息体系建设；收集并发布畜牧业生产动态和主要畜产品市场价格信息；指导全州畜牧业产业化工作；指导全州畜牧业防灾、抗灾工作；提出稳定和完善牧区双层经营体制意见；指导牧区集体财务、资产、牧业承包合同工作；监督减轻农牧民负担工作；指导畜牧业社会化服务体系和牧民专业合作经济组织建设；管理全州畜牧行业综合统计工作。
5、农业机械与乡镇企业管理科（挂农业资源区划办公室牌子）
负责指导全州农业工作；负责全州农业机械行业管理工作；负责全州乡镇企业的行业管理工作；负责全州农业资源区划，基本农田的保护规划、生态农业和农业可持续发展工作；指导农用地、宜农湿地、农村可再生能源的开发利用、以及农业生物物种资源的保护和管理。
6、野生动植物和自然保护区管理科
起草地方性陆生野生动植物资源保护与管理的法规、规章；组织和监督、指导陆生野生动植物资源的保护与合理开发利用；拟定及调整州级重点保护的野生动物、植物名录，报州人民政府批准后予以公布；根据省级和州级自然保护区的区划、规划原则，指导森林和陆生野生地动植物类型自然保护区的建设和管理；组织、协调全州湿地保护工作。
7、森林资源管理科（挂天然林资源保护工程管理办公室和国家重点公益林保护建设管理办公室牌子）
组织、指导全州森林资源的管理；组织全州森林资源调查、动态监测和统计；监督植树造林、封山封沙育林（草）的检查验收；审核并监督森林资源的作用情况；组织编制森林采伐限额；监督林木的凭证采伐和运输；组织、指导林地、林权管理并承办对依法批准的林地征用、占用的初审工作；负责协调林业区划与国土整治规划工作；参与编制森林经营方案并监督执行；负责林地权属、州际林权争议和州内林权纠纷的处理工作；负责林政案件的预防与查处；指导监督木材检查站管理工作；组织、指导全州天保工程的实施管理，对天保资金管理、使用情况进行检查、监督；负责组织、指导国家重点生态公益林保护建设项目，对公益林生态效益补偿基金的管理、使用进行检查督导。
8、植树造林科（挂退耕还林草工程管理办公室和绿化委员会办公室牌子）
组织起草有关地方性的植树造林、封山封沙育林（草）方面的规划、年度实施方案和法规、规章并监督执行；组织林业基地重点生态工程建设；指导国有林场（苗圃）、森林公园的建设和管理；负责全州种苗工作的宏观管理，指导各类防护林、商品林（包括用材林、经济林、薪炭林、药用林、特种用途林）和风景林的培育；组织指导全州退耕还林（草）、天然林保护等林业重点工程的营造林工作；组织、指导全州森林病虫鼠害的防治、检疫和预测预报工作；提出林业科技发展规划；承办重大林业科技攻关项目的组织指导和申报工作；指导基层林业工作站和林业技术推广站建设和管理；承担州绿化委员会办公室的日常工作，组织起草全州全民义务植树中长期规划和年度实施方案，并监督组织实施。
9、渔政管理科（挂渔政监察大队牌子）
负责全州渔政管理工作，组织起草有关地方性渔业开发保护政策、条例、法规，并监督执行；负责州内湖泊水域、江河流域生态保护和水生野生动植物保护工作；划定湖泊水域、江河流域的禁渔范围、及禁渔时间，并报请州政府同意后，监督实施；对鱼类销售、交易及鱼产品加工、流通市场进行监督检查，处置非法捕捞、加工、贩卖渔业资源的违法行为，维护国家渔业权利、行使渔政管理权。
10、森林公安局(挂森林警察支队和森林防火办公室牌子)
实行双重领导体制，行政上受州农牧和林业局领导，业务上受州公安局领导。负责指导全州森林公安工作和森林公安队伍建设；负责森林公安督察工作；承担林区社会治安稳定工作；协调和督促查处森林案件和野生动植物案件；承担森林防火办公室日常工作；承担森林警察支队工作。
二、人员编制和领导职数
州农牧和林业局机关行政编制16人、工勤编制为2名，县级领导职数4名，其中：局长1名，副局长3名，科级领导职数9名。
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